Në raportin e Departamentit amerikan të Shtetit për të drejtat e njeriut flitet edhe për shkelje masive të kryera në Maqedoni nga policia si dhe për indiferentizmin e qeverisë për të marë masa ndaj autoriteteve të papërgjegjshme. Aty theksohet se edhe Ushtria Çlirimtare Kombëtare kryen shkelje serioze kundër popullatës civile.
Gjendja e të drejtave të njeriut u keqësua ndjeshëm gjatë vitit 2001, pas fillimit të kryengritjes së shqiptarëve, të udhëhequr nga Ushtria Çlirimtare Kombëtare. Qëndrimet e policisë gjatë konfliktit në veçanti rezultuan në shkelje serioze të të drejtave të njeriut, ndërkohë që puna e rezervistëve të padisiplinuar dhe të pastërvitur, që krijuan grupe paraushtarake, ishte e dobët. Policia kreu ekzekutime pa gjyq dhe vrau civilë gjatë operacioneve luftarake. Në shumicën e rasteve qeveria mori masa të pamjaftueshme ose nuk mori fare masa për të bërë hetime dhe për të vënë para përgjegjësisë personat e duhur. Shpesh policia rrahu rëndë, herë herë, deri në vdekje, duke përfshirë këtu edhe vdekjen e të paktën 2 të arrestuarve shqiptarë, dhe abuzoi në forma të tjera persona të dyshuar dhe të burgosur, veçanërisht shqiptarë dhe romë. Arrestimet arbitrare dhe mbajta nën arrest ishin probleme serioze. Policia vazhdoi të detyrojë qytetarët që të paraqiten për tu marrë në pyetje, megjithë ligjin e vitit 1997, i cili kërkon që së pari policia të marrë urdhër nga gjykata. Gjatë konfliktit, qeveria kufizoi të drejtat vetiake dhe policia plaçkiti dhe shkatërroi me qëllim shtëpi të qytetarëve. Policia rrahu dhe kërcënoi gazetarët. Vazhdimisht ka patur njoftime të besueshme se policia e ka përdorur këtë praktikë. Gjatë vitit 2001, policia ndaloi gazetarë, shpeh për të ashtuquajtura bisedime informative. Ndërkohë qeveria kufizoi mjetet shqiptare të shtypit. Qeveria vendosi gjithashtu disa kufizime mbi liritë fetare, duke kufizuar ngritjen e qendrave fetare. Qeveria kufizoi lirinë e lëvizjes dhe mijëra vetë u shpërngulën nga shtëpitë e tyre si pasojë e konfliktit të brëndshëm. në disa raste, qeveria maqedonase kufizoi njoftimet nga ana e organizatave jo-qeveritare lidhur me shkeljet gjatë konfliktit.
Dhuna dhe diskriminimi ndaj grave, veçanërisht në komunitetin shqiptar, vazhdoi të ishte problem. Po ashtu diskriminimi kundër pakicave, duke përfshirë romët, shqiptarët, turqit dhe sërbët. Madje, udhëheqësit shqiptarë përmendën diskriminimin e gjithanshëm si shkakun kryesor të kryengritjes. Trafiku i grave dhe vajzave për prostitucion ishte gjithashtu problem.
Edhe kryengritësit e Ushtrisë Çlirimtare Kombëtare kryen shkelje serioze kundër popullatës civile, si vrasje, rrahje, plaçkitje dhe spastrim etnik. U njoftua se UÇK-ja sulmonte civilët, kur këta të fundit nuk i bindeshin urdhërave për të evakuar vend-banimet e tyre. Në disa raste UÇK-ja ka kryer fushata të spastrimit etnik në zonat që kishte nën kontroll. Duke kërcënuar me dhunë, Ushtria Çlirimtare Kombëtare detyroi mijëra maqedonas që të largoheshin nga shtëpitë e tyre në Maqedoninë veriore dhe perëndimore. Marrëveshja e 13 gushtit, që i dha fund konfliktit, bën thirrje për krijimin e kushteve që personat e shpërngulur të kthehen në shtëpitë e tyre dhe deri në fund të vitit ishte bërë përparim i madh në këtë drejtim.