Papa Françesku ka lërkuar ndjesë, sado të paqartë, për skandalet në Kishën Katolike, pas disa gabimesh të profilit të lartë që kanë të bëjnë me kishën apo klerikët e saj.
Duke folur në Romë për audiencën e tij të përgjithshme të përjavshme të mërkurën, Papa tha se kërkon falje në emër të kishës:
"Fjala e Jezusit është e fortë sot, mjerë bota, për shkak të skandaleve. Jezusi është realist. Ai thotë se skandale do të ketë, ato janë të pashmangshme. Por mjerë ai njeri që shkakton skandale. Sot, para se të fillojë Katekizmi, në emër të Kishës, kërkoj falje për skandalet që kanë ndodhur kohët e fundit qoftë në Romë, ose në Vatikan. Kërkoj falje.”
Komentet e Papës u pritën me duartrokitje, por edhe me konfuzion se për çfarë skandalesh e kishte fjalën. Vatikani nuk i ka adresuar çështjet për të cilat u referehoj Papa.
Më 3 tetor, një ditë para se Papa Françesku të fillonte një takim për çështjet familjare, një imzot i Vatikanit njoftoi publikisht homoseksualitetin e tij, prezantoi partnerin e tij në media, dhe denoncoi qëndrimin e Kishës mbi marrëdhëniet e të njëjtit seks.
Disa ditë më vonë, kryebashkiaku i Romës, Ignazio Marino, dha dorëheqjen lishur me skandalin për shpenzimet e tij personale dhe shqetësimeve se qyteti i varfër financiarisht nuk do të jetë në gjendje të presë turistët e shumtë që pritet të vijnë në Romë për vitin jubilar të Papës, që fillon në dhjetor.
Papa e ka kritikuar hapur kryebashkiakun Marino në javët e fundit, duke u thënë gazetarëve se kryetari i bashkisë nuk duhet të kishte udhëtuar në qytetin amerikan të Filadelfias muajin e kaluar, kur papa vizitoi qytetin.